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The aims of this study were to characterize new SARS-CoV-2 genomes sampled all over Italy and to reconstruct the origin and the evolutionary dynamics in Italy and Europe between February and June 2020. The cluster analysis showed only small clusters including < 80 Italian isolates, while most of the Italian strains were intermixed in the whole tree. Pure Italian clusters were observed mainly after the lockdown and distancing measures were adopted. Lineage B and B.1 spread between late January and early February 2020, from China to Veneto and Lombardy, respectively. Lineage B.1.1 (20B) most probably evolved within Italy and spread from central to south Italian regions, and to European countries. The lineage B.1.1.1 (20D) developed most probably in other European countries entering Italy only in the second half of March and remained localized in Piedmont until June 2020. In conclusion, within the limitations of phylogeographical reconstruction, the estimated ancestral scenario suggests an important role of China and Italy in the widespread diffusion of the D614G variant in Europe in the early phase of the pandemic and more dispersed exchanges involving several European countries from the second half of March 2020.
The aims of this study were to characterize new SARS-CoV-2 genomes sampled all over Italy and to reconstruct the origin and the evolutionary dynamics in Italy and Europe between February and June 2020. The cluster analysis showed only small clusters including < 80 Italian isolates, while most of the Italian strains were intermixed in the whole tree. Pure Italian clusters were observed mainly after the lockdown and distancing measures were adopted. Lineage B and B.1 spread between late January and early February 2020, from China to Veneto and Lombardy, respectively. Lineage B.1.1 (20B) most probably evolved within Italy and spread from central to south Italian regions, and to European countries. The lineage B.1.1.1 (20D) developed most probably in other European countries entering Italy only in the second half of March and remained localized in Piedmont until June 2020. In conclusion, within the limitations of phylogeographical reconstruction, the estimated ancestral scenario suggests an important role of China and Italy in the widespread diffusion of the D614G variant in Europe in the early phase of the pandemic and more dispersed exchanges involving several European countries from the second half of March 2020.
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11388/367789
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
