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Background: Genome-wide association studies for glycemic traits have identified hundreds of loci associated with these biomarkers of glucose homeostasis. Despite this success, the challenge remains to link variant associations to genes, and underlying biological pathways. Methods: To identify coding variant associations which may pinpoint effector genes at both novel and previously established genome-wide association loci, we performed meta-analyses of exome-array studies for four glycemic traits: glycated hemoglobin (HbA1c, up to 144,060 participants), fasting glucose (FG, up to 129,665 participants), fasting insulin (FI, up to 104,140) and 2hr glucose post-oral glucose challenge (2hGlu, up to 57,878). In addition, we performed network and pathway analyses. Results: Single-variant and gene-based association analyses identified coding variant associations at more than 60 genes, which when combined with other datasets may be useful to nominate effector genes. Network and pathway analyses identified pathways related to insulin secretion, zinc transport and fatty acid metabolism. HbA1c associations were strongly enriched in pathways related to blood cell biology. Conclusions: Our results provided novel glycemic trait associations and highlighted pathways implicated in glycemic regulation. Exome-array summary statistic results are being made available to the scientific community to enable further discoveries.
Large-scale exome array summary statistics resources for glycemic traits to aid effector gene prioritization / Willems, S. M.; Ng, N. H. J.; Fernandez, J.; Fine, R. S.; Wheeler, E.; Wessel, J.; Kitajima, H.; Marenne, G.; Sim, X.; Yaghootkar, H.; Wang, S.; Chen, S.; Chen, Y.; Chen, Y. -D. I.; Grarup, N.; Li-Gao, R.; Varga, T. V.; Asimit, J. L.; Feng, S.; Strawbridge, R. J.; Kleinbrink, E. L.; Ahluwalia, T. S.; An, P.; Appel, E. V.; Arking, D. E.; Auvinen, J.; Bielak, L. F.; Bihlmeyer, N. A.; Bork-Jensen, J.; Brody, J. A.; Campbell, A.; Chu, A. Y.; Davies, G.; Demirkan, A.; Floyd, J. S.; Giulianini, F.; Guo, X.; Gustafsson, S.; Jackson, A. U.; Jakobsdottir, J.; Jarvelin, M. -R.; Jensen, R. A.; Kanoni, S.; Keinanen-Kiukaanniemi, S.; Li, M.; Lu, Y.; Luan, J.; Manning, A. K.; Marten, J.; Meidtner, K.; Mook-Kanamori, D. O.; Muka, T.; Pistis, G.; Prins, B.; Rice, K. M.; Sanna, S.; Smith, A. V.; Smith, J. A.; Southam, L.; Stringham, H. M.; Tragante, V.; van der Laan, S. W.; Warren, H. R.; Yao, J.; Yiorkas, A. M.; Zhang, W.; Zhao, W.; Graff, M.; Highland, H. M.; Justice, A. E.; Marouli, E.; Medina-Gomez, C.; Afaq, S.; Alhejily, W. A.; Amin, N.; Asselbergs, F. W.; Bonnycastle, L. L.; Bots, M. L.; Brandslund, I.; Chen, J.; Danesh, J.; de Mutsert, R.; Dehghan, A.; Ebeling, T.; Elliott, P.; Farmaki, A. -E.; Faul, J. D.; Franks, P. W.; Franks, S.; Fritsche, A.; Gjesing, A. P.; Goodarzi, M. O.; Gudnason, V.; Hallmans, G.; Harris, T. B.; Herzig, K. -H.; Hivert, M. -F.; Jorgensen, T.; Jorgensen, M. E.; Jousilahti, P.; Kajantie, E.; Karaleftheri, M.; Kardia, S. L. R.; Kinnunen, L.; Koistinen, H. A.; Komulainen, P.; Kovacs, P.; Kuusisto, J.; Laakso, M.; Lange, L. A.; Launer, L. J.; Leong, A.; Lindstrom, J.; Manning Fox, J. E.; Mannisto, S.; Maruthur, N. M.; Moilanen, L.; Mulas, A.; Nalls, M. A.; Neville, M.; Pankow, J. S.; Pattie, A.; Petersen, E. R. B.; Puolijoki, H.; Rasheed, A.; Redmond, P.; Renstrom, F.; Roden, M.; Saleheen, D.; Saltevo, J.; Savonen, K.; Sebert, S.; Skaaby, T.; Small, K. S.; Stancakova, A.; Stokholm, J.; Strauch, K.; Tai, E. -S.; Taylor, K. D.; Thuesen, B. H.; Tonjes, A.; Tsafantakis, E.; Tuomi, T.; Tuomilehto, J.; Uusitupa, M.; Vaarasmaki, M.; Vaartjes, I.; Zoledziewska, M.; Abecasis, G.; Balkau, B.; Bisgaard, H.; Blakemore, A. I.; Bluher, M.; Boeing, H.; Boerwinkle, E.; Bonnelykke, K.; Bottinger, E. P.; Caulfield, M. J.; Chambers, J. C.; Chasman, D. I.; Cheng, C. -Y.; Collins, F. S.; Coresh, J.; Cucca, F.; de Borst, G. J.; Deary, I. J.; Dedoussis, G.; Deloukas, P.; den Ruijter, H. M.; Dupuis, J.; Evans, M. K.; Ferrannini, E.; Franco, O. H.; Grallert, H.; Hansen, T.; Hattersley, A. T.; Hayward, C.; Hirschhorn, J. N.; Ikram, A.; Ingelsson, E.; Karpe, F.; Kaw, K. -T.; Kiess, W.; Kooner, J. S.; Korner, A.; Lakka, T.; Langenberg, C.; Lind, L.; Lindgren, C. M.; Linneberg, A.; Lipovich, L.; Liu, C. -T.; Liu, J.; Liu, Y.; Loos, R. J. F.; Macdonald, P. E.; Mohlke, K. L.; Morris, A. D.; Munroe, P. B.; Murray, A.; Padmanabhan, S.; Palmer, C. N. A.; Pasterkamp, G.; Pedersen, O.; Peyser, P. A.; Polasek, O.; Porteous, D.; Province, M. A.; Psaty, B. M.; Rauramaa, R.; Ridker, P. M.; Rolandsson, O.; Rorsman, P.; Rosendaal, F. R.; Rudan, I.; Salomaa, V.; Schulze, M. B.; Sladek, R.; Smith, B. H.; Spector, T. D.; Starr, J. M.; Stumvoll, M.; van Duijn, C. M.; Walker, M.; Wareham, N. J.; Weir, D. R.; Wilson, J. G.; Wong, T. Y.; Zeggini, E.; Zonderman, A. B.; Rotter, J. I.; Morris, A. P.; Boehnke, M.; Florez, J. C.; Mccarthy, M. I.; Meigs, J. B.; Mahajan, A.; Scott, R. A.; Gloyn, A. L.; Barroso, I.. - In: WELLCOME OPEN RESEARCH. - ISSN 2398-502X. - 8:(2023). [10.12688/wellcomeopenres.18754.1]
Large-scale exome array summary statistics resources for glycemic traits to aid effector gene prioritization
Willems S. M.;Ng N. H. J.;Fernandez J.;Fine R. S.;Wheeler E.;Wessel J.;Kitajima H.;Marenne G.;Sim X.;Yaghootkar H.;Wang S.;Chen S.;Chen Y.;Chen Y. -D. I.;Grarup N.;Li-Gao R.;Varga T. V.;Asimit J. L.;Feng S.;Strawbridge R. J.;Kleinbrink E. L.;Ahluwalia T. S.;An P.;Appel E. V.;Arking D. E.;Auvinen J.;Bielak L. F.;Bihlmeyer N. A.;Bork-Jensen J.;Brody J. A.;Campbell A.;Chu A. Y.;Davies G.;Demirkan A.;Floyd J. S.;Giulianini F.;Guo X.;Gustafsson S.;Jackson A. U.;Jakobsdottir J.;Jarvelin M. -R.;Jensen R. A.;Kanoni S.;Keinanen-Kiukaanniemi S.;Li M.;Lu Y.;Luan J.;Manning A. K.;Marten J.;Meidtner K.;Mook-Kanamori D. O.;Muka T.;Pistis G.;Prins B.;Rice K. M.;Sanna S.
Membro del Collaboration Group
;Smith A. V.;Smith J. A.;Southam L.;Stringham H. M.;Tragante V.;van der Laan S. W.;Warren H. R.;Yao J.;Yiorkas A. M.;Zhang W.;Zhao W.;Graff M.;Highland H. M.;Justice A. E.;Marouli E.;Medina-Gomez C.;Afaq S.;Alhejily W. A.;Amin N.;Asselbergs F. W.;Bonnycastle L. L.;Bots M. L.;Brandslund I.;Chen J.;Danesh J.;de Mutsert R.;Dehghan A.;Ebeling T.;Elliott P.;Farmaki A. -E.;Faul J. D.;Franks P. W.;Franks S.;Fritsche A.;Gjesing A. P.;Goodarzi M. O.;Gudnason V.;Hallmans G.;Harris T. B.;Herzig K. -H.;Hivert M. -F.;Jorgensen T.;Jorgensen M. E.;Jousilahti P.;Kajantie E.;Karaleftheri M.;Kardia S. L. R.;Kinnunen L.;Koistinen H. A.;Komulainen P.;Kovacs P.;Kuusisto J.;Laakso M.;Lange L. A.;Launer L. J.;Leong A.;Lindstrom J.;Manning Fox J. E.;Mannisto S.;Maruthur N. M.;Moilanen L.;Mulas A.
Membro del Collaboration Group
;Nalls M. A.;Neville M.;Pankow J. S.;Pattie A.;Petersen E. R. B.;Puolijoki H.;Rasheed A.;Redmond P.;Renstrom F.;Roden M.;Saleheen D.;Saltevo J.;Savonen K.;Sebert S.;Skaaby T.;Small K. S.;Stancakova A.;Stokholm J.;Strauch K.;Tai E. -S.;Taylor K. D.;Thuesen B. H.;Tonjes A.;Tsafantakis E.;Tuomi T.;Tuomilehto J.;Uusitupa M.;Vaarasmaki M.;Vaartjes I.;Zoledziewska M.;Abecasis G.;Balkau B.;Bisgaard H.;Blakemore A. I.;Bluher M.;Boeing H.;Boerwinkle E.;Bonnelykke K.;Bottinger E. P.;Caulfield M. J.;Chambers J. C.;Chasman D. I.;Cheng C. -Y.;Collins F. S.;Coresh J.;Cucca F.;de Borst G. J.;Deary I. J.;Dedoussis G.;Deloukas P.;den Ruijter H. M.;Dupuis J.;Evans M. K.;Ferrannini E.;Franco O. H.;Grallert H.;Hansen T.;Hattersley A. T.;Hayward C.;Hirschhorn J. N.;Ikram A.;Ingelsson E.;Karpe F.;Kaw K. -T.;Kiess W.;Kooner J. S.;Korner A.;Lakka T.;Langenberg C.;Lind L.;Lindgren C. M.;Linneberg A.;Lipovich L.;Liu C. -T.;Liu J.;Liu Y.;Loos R. J. F.;MacDonald P. E.;Mohlke K. L.;Morris A. D.;Munroe P. B.;Murray A.;Padmanabhan S.;Palmer C. N. A.;Pasterkamp G.;Pedersen O.;Peyser P. A.;Polasek O.;Porteous D.;Province M. A.;Psaty B. M.;Rauramaa R.;Ridker P. M.;Rolandsson O.;Rorsman P.;Rosendaal F. R.;Rudan I.;Salomaa V.;Schulze M. B.;Sladek R.;Smith B. H.;Spector T. D.;Starr J. M.;Stumvoll M.;van Duijn C. M.;Walker M.;Wareham N. J.;Weir D. R.;Wilson J. G.;Wong T. Y.;Zeggini E.;Zonderman A. B.;Rotter J. I.;Morris A. P.;Boehnke M.;Florez J. C.;McCarthy M. I.;Meigs J. B.;Mahajan A.;Scott R. A.;Gloyn A. L.;Barroso I.
2023-01-01
Abstract
Background: Genome-wide association studies for glycemic traits have identified hundreds of loci associated with these biomarkers of glucose homeostasis. Despite this success, the challenge remains to link variant associations to genes, and underlying biological pathways. Methods: To identify coding variant associations which may pinpoint effector genes at both novel and previously established genome-wide association loci, we performed meta-analyses of exome-array studies for four glycemic traits: glycated hemoglobin (HbA1c, up to 144,060 participants), fasting glucose (FG, up to 129,665 participants), fasting insulin (FI, up to 104,140) and 2hr glucose post-oral glucose challenge (2hGlu, up to 57,878). In addition, we performed network and pathway analyses. Results: Single-variant and gene-based association analyses identified coding variant associations at more than 60 genes, which when combined with other datasets may be useful to nominate effector genes. Network and pathway analyses identified pathways related to insulin secretion, zinc transport and fatty acid metabolism. HbA1c associations were strongly enriched in pathways related to blood cell biology. Conclusions: Our results provided novel glycemic trait associations and highlighted pathways implicated in glycemic regulation. Exome-array summary statistic results are being made available to the scientific community to enable further discoveries.
Large-scale exome array summary statistics resources for glycemic traits to aid effector gene prioritization / Willems, S. M.; Ng, N. H. J.; Fernandez, J.; Fine, R. S.; Wheeler, E.; Wessel, J.; Kitajima, H.; Marenne, G.; Sim, X.; Yaghootkar, H.; Wang, S.; Chen, S.; Chen, Y.; Chen, Y. -D. I.; Grarup, N.; Li-Gao, R.; Varga, T. V.; Asimit, J. L.; Feng, S.; Strawbridge, R. J.; Kleinbrink, E. L.; Ahluwalia, T. S.; An, P.; Appel, E. V.; Arking, D. E.; Auvinen, J.; Bielak, L. F.; Bihlmeyer, N. A.; Bork-Jensen, J.; Brody, J. A.; Campbell, A.; Chu, A. Y.; Davies, G.; Demirkan, A.; Floyd, J. S.; Giulianini, F.; Guo, X.; Gustafsson, S.; Jackson, A. U.; Jakobsdottir, J.; Jarvelin, M. -R.; Jensen, R. A.; Kanoni, S.; Keinanen-Kiukaanniemi, S.; Li, M.; Lu, Y.; Luan, J.; Manning, A. K.; Marten, J.; Meidtner, K.; Mook-Kanamori, D. O.; Muka, T.; Pistis, G.; Prins, B.; Rice, K. M.; Sanna, S.; Smith, A. V.; Smith, J. A.; Southam, L.; Stringham, H. M.; Tragante, V.; van der Laan, S. W.; Warren, H. R.; Yao, J.; Yiorkas, A. M.; Zhang, W.; Zhao, W.; Graff, M.; Highland, H. M.; Justice, A. E.; Marouli, E.; Medina-Gomez, C.; Afaq, S.; Alhejily, W. A.; Amin, N.; Asselbergs, F. W.; Bonnycastle, L. L.; Bots, M. L.; Brandslund, I.; Chen, J.; Danesh, J.; de Mutsert, R.; Dehghan, A.; Ebeling, T.; Elliott, P.; Farmaki, A. -E.; Faul, J. D.; Franks, P. W.; Franks, S.; Fritsche, A.; Gjesing, A. P.; Goodarzi, M. O.; Gudnason, V.; Hallmans, G.; Harris, T. B.; Herzig, K. -H.; Hivert, M. -F.; Jorgensen, T.; Jorgensen, M. E.; Jousilahti, P.; Kajantie, E.; Karaleftheri, M.; Kardia, S. L. R.; Kinnunen, L.; Koistinen, H. A.; Komulainen, P.; Kovacs, P.; Kuusisto, J.; Laakso, M.; Lange, L. A.; Launer, L. J.; Leong, A.; Lindstrom, J.; Manning Fox, J. E.; Mannisto, S.; Maruthur, N. M.; Moilanen, L.; Mulas, A.; Nalls, M. A.; Neville, M.; Pankow, J. S.; Pattie, A.; Petersen, E. R. B.; Puolijoki, H.; Rasheed, A.; Redmond, P.; Renstrom, F.; Roden, M.; Saleheen, D.; Saltevo, J.; Savonen, K.; Sebert, S.; Skaaby, T.; Small, K. S.; Stancakova, A.; Stokholm, J.; Strauch, K.; Tai, E. -S.; Taylor, K. D.; Thuesen, B. H.; Tonjes, A.; Tsafantakis, E.; Tuomi, T.; Tuomilehto, J.; Uusitupa, M.; Vaarasmaki, M.; Vaartjes, I.; Zoledziewska, M.; Abecasis, G.; Balkau, B.; Bisgaard, H.; Blakemore, A. I.; Bluher, M.; Boeing, H.; Boerwinkle, E.; Bonnelykke, K.; Bottinger, E. P.; Caulfield, M. J.; Chambers, J. C.; Chasman, D. I.; Cheng, C. -Y.; Collins, F. S.; Coresh, J.; Cucca, F.; de Borst, G. J.; Deary, I. J.; Dedoussis, G.; Deloukas, P.; den Ruijter, H. M.; Dupuis, J.; Evans, M. K.; Ferrannini, E.; Franco, O. H.; Grallert, H.; Hansen, T.; Hattersley, A. T.; Hayward, C.; Hirschhorn, J. N.; Ikram, A.; Ingelsson, E.; Karpe, F.; Kaw, K. -T.; Kiess, W.; Kooner, J. S.; Korner, A.; Lakka, T.; Langenberg, C.; Lind, L.; Lindgren, C. M.; Linneberg, A.; Lipovich, L.; Liu, C. -T.; Liu, J.; Liu, Y.; Loos, R. J. F.; Macdonald, P. E.; Mohlke, K. L.; Morris, A. D.; Munroe, P. B.; Murray, A.; Padmanabhan, S.; Palmer, C. N. A.; Pasterkamp, G.; Pedersen, O.; Peyser, P. A.; Polasek, O.; Porteous, D.; Province, M. A.; Psaty, B. M.; Rauramaa, R.; Ridker, P. M.; Rolandsson, O.; Rorsman, P.; Rosendaal, F. R.; Rudan, I.; Salomaa, V.; Schulze, M. B.; Sladek, R.; Smith, B. H.; Spector, T. D.; Starr, J. M.; Stumvoll, M.; van Duijn, C. M.; Walker, M.; Wareham, N. J.; Weir, D. R.; Wilson, J. G.; Wong, T. Y.; Zeggini, E.; Zonderman, A. B.; Rotter, J. I.; Morris, A. P.; Boehnke, M.; Florez, J. C.; Mccarthy, M. I.; Meigs, J. B.; Mahajan, A.; Scott, R. A.; Gloyn, A. L.; Barroso, I.. - In: WELLCOME OPEN RESEARCH. - ISSN 2398-502X. - 8:(2023). [10.12688/wellcomeopenres.18754.1]
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
