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Hepatitis B virus (HBV) has been infecting humans for millennia and remains a global health problem, but its past diversity and dispersal routes are largely unknown. We generated HBV genomic data from 137 Eurasians and Native Americans dated between ~10,500 and ~400 years ago. We date the most recent common ancestor of all HBV lineages to between ~20,000 and 12,000 years ago, with the virus present in European and South American hunter-gatherers during the early Holocene. After the European Neolithic transition, Mesolithic HBV strains were replaced by a lineage likely disseminated by early farmers that prevailed throughout western Eurasia for ~4000 years, declining around the end of the 2nd millennium BCE. The only remnant of this prehistoric HBV diversity is the rare genotype G, which appears to have reemerged during the HIV pandemic.
Ten millennia of hepatitis B virus evolution / Kocher, A.; Papac, L.; Barquera, R.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hubler, R.; Rohrlach2, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A.; Van Bomme, F.; Pfefferkorn, M.; Alissa, M.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G. U.; Rivollat, M.; Van De Loosdrecht, M. S.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz, T.; Nagele, K.; Parker, C.; Keller, M.; Guevara, E. K.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi-Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodriguez, C.; De Lagran, I. G. -M.; Arcusa-Magallon, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillen, J. I.; Novacek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Veleminsky, P.; Limbursky, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; Armas, Y. C. D.; Godoy, S. T. H.; Hernandez-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langova, M.; Danielisova, A.; Ingman, T.; Atienzar, G. G.; Ibanez, M. P. D. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasil'Ev, D. V.; Heyking, K. V.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernandez, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. Ch.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauss, R.; Jimenez-Echevarria, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; Knijff, P. D.; Altena, E.; Vijver, K. V. D.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Losch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernandez-Dominguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Marquez-Morfin, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-Garcia, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Kussner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M. -F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobes, M.; Ernee, M.; Meller, H.; Kurt, A. W.; Prufer, K.; Warinner, C.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause2, J.; Krause2, J.; Kocher, A.. - In: SCIENCE. - ISSN 0036-8075. - 374:6564(2021). [10.1126/science.abi5658]
Ten millennia of hepatitis B virus evolution
Kocher A.;Papac L.;Barquera R.;Key F. M.;Spyrou M. A.;Hubler R.;Rohrlach2 A. B.;Aron F.;Stahl R.;Wissgott A.;Van Bomme F.;Pfefferkorn M.;Alissa M.;Villalba-Mouco V.;Neumann G. U.;Rivollat M.;Van De Loosdrecht M. S.;Majander K.;Tukhbatova R. I.;Musralina L.;Ghalichi A.;Penske S.;Sabin S.;Michel M.;Gretzinger J.;Nelson E. A.;Ferraz T.;Nagele K.;Parker C.;Keller M.;Guevara E. K.;Feldman M.;Eisenmann S.;Skourtanioti E.;Giffin K.;Gnecchi-Ruscone G. A.;Friederich S.;Schimmenti V.;Khartanovich V.;Karapetian M. K.;Chaplygin M. S.;Kufterin V. V.;Khokhlov A. A.;Chizhevsky A. A.;Stashenkov D. A.;Kochkina A. F.;Tejedor-Rodriguez C.;De Lagran I. G. -M.;Arcusa-Magallon H.;Garrido-Pena R.;Royo-Guillen J. I.;Novacek J.;Rottier S.;Kacki S.;Saintot S.;Kaverzneva E.;Belinskiy A. B.;Veleminsky P.;Limbursky P.;Kostka M.;Loe L.;Popescu E.;Clarke R.;Lyons A.;Mortimer R.;Sajantila A.;Armas Y. C. D.;Godoy S. T. H.;Hernandez-Zaragoza D. I.;Pearson J.;Binder D.;Lefranc P.;Kantorovich A. R.;Maslov V. E.;Lai L.
Membro del Collaboration Group
;Zoledziewska M.;Beckett J. F.;Langova M.;Danielisova A.;Ingman T.;Atienzar G. G.;Ibanez M. P. D. M.;Romero A.;Sperduti A.;Beckett S.;Salter S. J.;Zilivinskaya E. D.;Vasil'ev D. V.;Heyking K. V.;Burger R. L.;Salazar L. C.;Amkreutz L.;Navruzbekov M.;Rosenstock E.;Alonso-Fernandez C.;Slavchev V.;Kalmykov A. A.;Atabiev B. Ch.;Batieva E.;Calmet M. A.;Llamas B.;Schultz M.;Krauss R.;Jimenez-Echevarria J.;Francken M.;Shnaider S.;Knijff P. D.;Altena E.;Vijver K. V. D.;Fehren-Schmitz L.;Tung T. A.;Losch S.;Dobrovolskaya M.;Makarov N.;Read C.;Twest M. V.;Sagona C.;Ramsl P. C.;Akar M.;Yener K. A.;Ballestero E. C.;Cucca F.;Mazzarello V.;Utrilla P.;Rademaker K.;Fernandez-Dominguez E.;Baird D.;Semal P.;Marquez-Morfin L.;Roksandic M.;Steiner H.;Salazar-Garcia D. C.;Shishlina N.;Erdal Y. S.;Hallgren F.;Boyadzhiev Y.;Boyadzhiev K.;Kussner M.;Sayer D.;Onkamo P.;Skeates R.;Rojo-Guerra M.;Buzhilova A.;Khussainova E.;Djansugurova L. B.;Beisenov A. Z.;Samashev Z.;Massy K.;Mannino M.;Moiseyev V.;Mannermaa K.;Balanovsky O.;Deguilloux M. -F.;Reinhold S.;Hansen S.;Kitov E. P.;Dobes M.;Ernee M.;Meller H.;Kurt A. W.;Prufer K.;Warinner C.;Schiffels S.;Stockhammer P. W.;Bos K.;Posth C.;Herbig A.;Haak W.;Krause2 J.;Krause2 J.;Kocher A.
2021-01-01
Abstract
Hepatitis B virus (HBV) has been infecting humans for millennia and remains a global health problem, but its past diversity and dispersal routes are largely unknown. We generated HBV genomic data from 137 Eurasians and Native Americans dated between ~10,500 and ~400 years ago. We date the most recent common ancestor of all HBV lineages to between ~20,000 and 12,000 years ago, with the virus present in European and South American hunter-gatherers during the early Holocene. After the European Neolithic transition, Mesolithic HBV strains were replaced by a lineage likely disseminated by early farmers that prevailed throughout western Eurasia for ~4000 years, declining around the end of the 2nd millennium BCE. The only remnant of this prehistoric HBV diversity is the rare genotype G, which appears to have reemerged during the HIV pandemic.
Ten millennia of hepatitis B virus evolution / Kocher, A.; Papac, L.; Barquera, R.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hubler, R.; Rohrlach2, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A.; Van Bomme, F.; Pfefferkorn, M.; Alissa, M.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G. U.; Rivollat, M.; Van De Loosdrecht, M. S.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz, T.; Nagele, K.; Parker, C.; Keller, M.; Guevara, E. K.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi-Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodriguez, C.; De Lagran, I. G. -M.; Arcusa-Magallon, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillen, J. I.; Novacek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Veleminsky, P.; Limbursky, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; Armas, Y. C. D.; Godoy, S. T. H.; Hernandez-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langova, M.; Danielisova, A.; Ingman, T.; Atienzar, G. G.; Ibanez, M. P. D. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasil'Ev, D. V.; Heyking, K. V.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernandez, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. Ch.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauss, R.; Jimenez-Echevarria, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; Knijff, P. D.; Altena, E.; Vijver, K. V. D.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Losch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernandez-Dominguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Marquez-Morfin, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-Garcia, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Kussner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M. -F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobes, M.; Ernee, M.; Meller, H.; Kurt, A. W.; Prufer, K.; Warinner, C.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause2, J.; Krause2, J.; Kocher, A.. - In: SCIENCE. - ISSN 0036-8075. - 374:6564(2021). [10.1126/science.abi5658]
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La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
