Attenzione: i dati modificati non sono ancora stati salvati. Per confermare inserimenti o cancellazioni di voci è necessario confermare con il tasto SALVA/INSERISCI in fondo alla pagina
IRIS
Tobacco and alcohol use are heritable behaviours associated with 15% and 5.3% of worldwide deaths, respectively, due largely to broad increased risk for disease and injury1–4. These substances are used across the globe, yet genome-wide association studies have focused largely on individuals of European ancestries5. Here we leveraged global genetic diversity across 3.4 million individuals from four major clines of global ancestry (approximately 21% non-European) to power the discovery and fine-mapping of genomic loci associated with tobacco and alcohol use, to inform function of these loci via ancestry-aware transcriptome-wide association studies, and to evaluate the genetic architecture and predictive power of polygenic risk within and across populations. We found that increases in sample size and genetic diversity improved locus identification and fine-mapping resolution, and that a large majority of the 3,823 associated variants (from 2,143 loci) showed consistent effect sizes across ancestry dimensions. However, polygenic risk scores developed in one ancestry performed poorly in others, highlighting the continued need to increase sample sizes of diverse ancestries to realize any potential benefit of polygenic prediction.
Genetic diversity fuels gene discovery for tobacco and alcohol use / Saunders, G. R. B.; Wang, X.; Chen, F.; Jang, S. -K.; Liu, M.; Wang, C.; Gao, S.; Jiang, Y.; Khunsriraksakul, C.; Otto, J. M.; Addison, C.; Akiyama, M.; Albert, C. M.; Aliev, F.; Alonso, A.; Arnett, D. K.; Ashley-Koch, A. E.; Ashrani, A. A.; Barnes, K. C.; Barr, R. G.; Bartz, T. M.; Becker, D. M.; Bielak, L. F.; Benjamin, E. J.; Bis, J. C.; Bjornsdottir, G.; Blangero, J.; Bleecker, E. R.; Boardman, J. D.; Boerwinkle, E.; Boomsma, D. I.; Boorgula, M. P.; Bowden, D. W.; Brody, J. A.; Cade, B. E.; Chasman, D. I.; Chavan, S.; Chen, Y. -D. I.; Chen, Z.; Cheng, I.; Cho, M. H.; Choquet, H.; Cole, J. W.; Cornelis, M. C.; Cucca, F.; Curran, J. E.; de Andrade, M.; Dick, D. M.; Docherty, A. R.; Duggirala, R.; Eaton, C. B.; Ehringer, M. A.; Esko, T.; Faul, J. D.; Silva, L. F.; Fiorillo, E.; Fornage, M.; Freedman, B. I.; Gabrielsen, M. E.; Garrett, M. E.; Gharib, S. A.; Gieger, C.; Gillespie, N.; Glahn, D. C.; Gordon, S. D.; Gu, C. C.; Gu, D.; Gudbjartsson, D. F.; Guo, X.; Haessler, J.; Hall, M. E.; Haller, T.; Harris, K. M.; He, J.; Herd, P.; Hewitt, J. K.; Hickie, I.; Hidalgo, B.; Hokanson, J. E.; Hopfer, C.; Hottenga, J. J.; Hou, L.; Huang, H.; Hung, Y. -J.; Hunter, D. J.; Hveem, K.; Hwang, S. -J.; Hwu, C. -M.; Iacono, W.; Irvin, M. R.; Jee, Y. H.; Johnson, E. O.; Joo, Y. Y.; Jorgenson, E.; Justice, A. E.; Kamatani, Y.; Kaplan, R. C.; Kaprio, J.; Kardia, S. L. R.; Keller, M. C.; Kelly, T. N.; Kooperberg, C.; Korhonen, T.; Kraft, P.; Krauter, K.; Kuusisto, J.; Laakso, M.; Lasky-Su, J.; Lee, W. -J.; Lee, J. J.; Levy, D.; Li, L.; Li, K.; Li, Y.; Lin, K.; Lind, P. A.; Liu, C.; Lloyd-Jones, D. M.; Lutz, S. M.; Ma, J.; Magi, R.; Manichaikul, A.; Martin, N. G.; Mathur, R.; Matoba, N.; Mcardle, P. F.; Mcgue, M.; Mcqueen, M. B.; Medland, S. E.; Metspalu, A.; Meyers, D. A.; Millwood, I. Y.; Mitchell, B. D.; Mohlke, K. L.; Moll, M.; Montasser, M. E.; Morrison, A. C.; Mulas, A.; Nielsen, J. B.; North, K. E.; Oelsner, E. C.; Okada, Y.; Orru, V.; Palmer, N. D.; Palviainen, T.; Pandit, A.; Park, S. L.; Peters, U.; Peters, A.; Peyser, P. A.; Polderman, T. J. C.; Rafaels, N.; Redline, S.; Reed, R. M.; Reiner, A. P.; Rice, J. P.; Rich, S. S.; Richmond, N. E.; Roan, C.; Rotter, J. I.; Rueschman, M. N.; Runarsdottir, V.; Saccone, N. L.; Schwartz, D. A.; Shadyab, A. H.; Shi, J.; Shringarpure, S. S.; Sicinski, K.; Skogholt, A. H.; Smith, J. A.; Smith, N. L.; Sotoodehnia, N.; Stallings, M. C.; Stefansson, H.; Stefansson, K.; Stitzel, J. A.; Sun, X.; Syed, M.; Tal-Singer, R.; Taylor, A. E.; Taylor, K. D.; Telen, M. J.; Thai, K. K.; Tiwari, H.; Turman, C.; Tyrfingsson, T.; Wall, T. L.; Walters, R. G.; Weir, D. R.; Weiss, S. T.; White, W. B.; Whitfield, J. B.; Wiggins, K. L.; Willemsen, G.; Willer, C. J.; Winsvold, B. S.; Xu, H.; Yanek, L. R.; Yin, J.; Young, K. L.; Young, K. A.; Yu, B.; Zhao, W.; Zhou, W.; Zollner, S.; Zuccolo, L.; Batini, C.; Bergen, A. W.; Bierut, L. J.; David, S. P.; Gagliano Taliun, S. A.; Hancock, D. B.; Jiang, B.; Munafo, M. R.; Thorgeirsson, T. E.; Liu, D. J.; Vrieze, S.. - In: NATURE. - ISSN 0028-0836. - 612:7941(2022), pp. 720-724. [10.1038/s41586-022-05477-4]
Genetic diversity fuels gene discovery for tobacco and alcohol use
Saunders G. R. B.;Wang X.;Chen F.;Jang S. -K.;Liu M.;Wang C.;Gao S.;Jiang Y.;Khunsriraksakul C.;Otto J. M.;Addison C.;Akiyama M.;Albert C. M.;Aliev F.;Alonso A.;Arnett D. K.;Ashley-Koch A. E.;Ashrani A. A.;Barnes K. C.;Barr R. G.;Bartz T. M.;Becker D. M.;Bielak L. F.;Benjamin E. J.;Bis J. C.;Bjornsdottir G.;Blangero J.;Bleecker E. R.;Boardman J. D.;Boerwinkle E.;Boomsma D. I.;Boorgula M. P.;Bowden D. W.;Brody J. A.;Cade B. E.;Chasman D. I.;Chavan S.;Chen Y. -D. I.;Chen Z.;Cheng I.;Cho M. H.;Choquet H.;Cole J. W.;Cornelis M. C.;Cucca F.;Curran J. E.;de Andrade M.;Dick D. M.;Docherty A. R.;Duggirala R.;Eaton C. B.;Ehringer M. A.;Esko T.;Faul J. D.;Silva L. F.;Fiorillo E.;Fornage M.;Freedman B. I.;Gabrielsen M. E.;Garrett M. E.;Gharib S. A.;Gieger C.;Gillespie N.;Glahn D. C.;Gordon S. D.;Gu C. C.;Gu D.;Gudbjartsson D. F.;Guo X.;Haessler J.;Hall M. E.;Haller T.;Harris K. M.;He J.;Herd P.;Hewitt J. K.;Hickie I.;Hidalgo B.;Hokanson J. E.;Hopfer C.;Hottenga J. J.;Hou L.;Huang H.;Hung Y. -J.;Hunter D. J.;Hveem K.;Hwang S. -J.;Hwu C. -M.;Iacono W.;Irvin M. R.;Jee Y. H.;Johnson E. O.;Joo Y. Y.;Jorgenson E.;Justice A. E.;Kamatani Y.;Kaplan R. C.;Kaprio J.;Kardia S. L. R.;Keller M. C.;Kelly T. N.;Kooperberg C.;Korhonen T.;Kraft P.;Krauter K.;Kuusisto J.;Laakso M.;Lasky-Su J.;Lee W. -J.;Lee J. J.;Levy D.;Li L.;Li K.;Li Y.;Lin K.;Lind P. A.;Liu C.;Lloyd-Jones D. M.;Lutz S. M.;Ma J.;Magi R.;Manichaikul A.;Martin N. G.;Mathur R.;Matoba N.;McArdle P. F.;McGue M.;McQueen M. B.;Medland S. E.;Metspalu A.;Meyers D. A.;Millwood I. Y.;Mitchell B. D.;Mohlke K. L.;Moll M.;Montasser M. E.;Morrison A. C.;Mulas A.
Membro del Collaboration Group
;Nielsen J. B.;North K. E.;Oelsner E. C.;Okada Y.;Orru V.;Palmer N. D.;Palviainen T.;Pandit A.;Park S. L.;Peters U.;Peters A.;Peyser P. A.;Polderman T. J. C.;Rafaels N.;Redline S.;Reed R. M.;Reiner A. P.;Rice J. P.;Rich S. S.;Richmond N. E.;Roan C.;Rotter J. I.;Rueschman M. N.;Runarsdottir V.;Saccone N. L.;Schwartz D. A.;Shadyab A. H.;Shi J.;Shringarpure S. S.;Sicinski K.;Skogholt A. H.;Smith J. A.;Smith N. L.;Sotoodehnia N.;Stallings M. C.;Stefansson H.;Stefansson K.;Stitzel J. A.;Sun X.;Syed M.;Tal-Singer R.;Taylor A. E.;Taylor K. D.;Telen M. J.;Thai K. K.;Tiwari H.;Turman C.;Tyrfingsson T.;Wall T. L.;Walters R. G.;Weir D. R.;Weiss S. T.;White W. B.;Whitfield J. B.;Wiggins K. L.;Willemsen G.;Willer C. J.;Winsvold B. S.;Xu H.;Yanek L. R.;Yin J.;Young K. L.;Young K. A.;Yu B.;Zhao W.;Zhou W.;Zollner S.;Zuccolo L.;Batini C.;Bergen A. W.;Bierut L. J.;David S. P.;Gagliano Taliun S. A.;Hancock D. B.;Jiang B.;Munafo M. R.;Thorgeirsson T. E.;Liu D. J.;Vrieze S.
2022-01-01
Abstract
Tobacco and alcohol use are heritable behaviours associated with 15% and 5.3% of worldwide deaths, respectively, due largely to broad increased risk for disease and injury1–4. These substances are used across the globe, yet genome-wide association studies have focused largely on individuals of European ancestries5. Here we leveraged global genetic diversity across 3.4 million individuals from four major clines of global ancestry (approximately 21% non-European) to power the discovery and fine-mapping of genomic loci associated with tobacco and alcohol use, to inform function of these loci via ancestry-aware transcriptome-wide association studies, and to evaluate the genetic architecture and predictive power of polygenic risk within and across populations. We found that increases in sample size and genetic diversity improved locus identification and fine-mapping resolution, and that a large majority of the 3,823 associated variants (from 2,143 loci) showed consistent effect sizes across ancestry dimensions. However, polygenic risk scores developed in one ancestry performed poorly in others, highlighting the continued need to increase sample sizes of diverse ancestries to realize any potential benefit of polygenic prediction.
Genetic diversity fuels gene discovery for tobacco and alcohol use / Saunders, G. R. B.; Wang, X.; Chen, F.; Jang, S. -K.; Liu, M.; Wang, C.; Gao, S.; Jiang, Y.; Khunsriraksakul, C.; Otto, J. M.; Addison, C.; Akiyama, M.; Albert, C. M.; Aliev, F.; Alonso, A.; Arnett, D. K.; Ashley-Koch, A. E.; Ashrani, A. A.; Barnes, K. C.; Barr, R. G.; Bartz, T. M.; Becker, D. M.; Bielak, L. F.; Benjamin, E. J.; Bis, J. C.; Bjornsdottir, G.; Blangero, J.; Bleecker, E. R.; Boardman, J. D.; Boerwinkle, E.; Boomsma, D. I.; Boorgula, M. P.; Bowden, D. W.; Brody, J. A.; Cade, B. E.; Chasman, D. I.; Chavan, S.; Chen, Y. -D. I.; Chen, Z.; Cheng, I.; Cho, M. H.; Choquet, H.; Cole, J. W.; Cornelis, M. C.; Cucca, F.; Curran, J. E.; de Andrade, M.; Dick, D. M.; Docherty, A. R.; Duggirala, R.; Eaton, C. B.; Ehringer, M. A.; Esko, T.; Faul, J. D.; Silva, L. F.; Fiorillo, E.; Fornage, M.; Freedman, B. I.; Gabrielsen, M. E.; Garrett, M. E.; Gharib, S. A.; Gieger, C.; Gillespie, N.; Glahn, D. C.; Gordon, S. D.; Gu, C. C.; Gu, D.; Gudbjartsson, D. F.; Guo, X.; Haessler, J.; Hall, M. E.; Haller, T.; Harris, K. M.; He, J.; Herd, P.; Hewitt, J. K.; Hickie, I.; Hidalgo, B.; Hokanson, J. E.; Hopfer, C.; Hottenga, J. J.; Hou, L.; Huang, H.; Hung, Y. -J.; Hunter, D. J.; Hveem, K.; Hwang, S. -J.; Hwu, C. -M.; Iacono, W.; Irvin, M. R.; Jee, Y. H.; Johnson, E. O.; Joo, Y. Y.; Jorgenson, E.; Justice, A. E.; Kamatani, Y.; Kaplan, R. C.; Kaprio, J.; Kardia, S. L. R.; Keller, M. C.; Kelly, T. N.; Kooperberg, C.; Korhonen, T.; Kraft, P.; Krauter, K.; Kuusisto, J.; Laakso, M.; Lasky-Su, J.; Lee, W. -J.; Lee, J. J.; Levy, D.; Li, L.; Li, K.; Li, Y.; Lin, K.; Lind, P. A.; Liu, C.; Lloyd-Jones, D. M.; Lutz, S. M.; Ma, J.; Magi, R.; Manichaikul, A.; Martin, N. G.; Mathur, R.; Matoba, N.; Mcardle, P. F.; Mcgue, M.; Mcqueen, M. B.; Medland, S. E.; Metspalu, A.; Meyers, D. A.; Millwood, I. Y.; Mitchell, B. D.; Mohlke, K. L.; Moll, M.; Montasser, M. E.; Morrison, A. C.; Mulas, A.; Nielsen, J. B.; North, K. E.; Oelsner, E. C.; Okada, Y.; Orru, V.; Palmer, N. D.; Palviainen, T.; Pandit, A.; Park, S. L.; Peters, U.; Peters, A.; Peyser, P. A.; Polderman, T. J. C.; Rafaels, N.; Redline, S.; Reed, R. M.; Reiner, A. P.; Rice, J. P.; Rich, S. S.; Richmond, N. E.; Roan, C.; Rotter, J. I.; Rueschman, M. N.; Runarsdottir, V.; Saccone, N. L.; Schwartz, D. A.; Shadyab, A. H.; Shi, J.; Shringarpure, S. S.; Sicinski, K.; Skogholt, A. H.; Smith, J. A.; Smith, N. L.; Sotoodehnia, N.; Stallings, M. C.; Stefansson, H.; Stefansson, K.; Stitzel, J. A.; Sun, X.; Syed, M.; Tal-Singer, R.; Taylor, A. E.; Taylor, K. D.; Telen, M. J.; Thai, K. K.; Tiwari, H.; Turman, C.; Tyrfingsson, T.; Wall, T. L.; Walters, R. G.; Weir, D. R.; Weiss, S. T.; White, W. B.; Whitfield, J. B.; Wiggins, K. L.; Willemsen, G.; Willer, C. J.; Winsvold, B. S.; Xu, H.; Yanek, L. R.; Yin, J.; Young, K. L.; Young, K. A.; Yu, B.; Zhao, W.; Zhou, W.; Zollner, S.; Zuccolo, L.; Batini, C.; Bergen, A. W.; Bierut, L. J.; David, S. P.; Gagliano Taliun, S. A.; Hancock, D. B.; Jiang, B.; Munafo, M. R.; Thorgeirsson, T. E.; Liu, D. J.; Vrieze, S.. - In: NATURE. - ISSN 0028-0836. - 612:7941(2022), pp. 720-724. [10.1038/s41586-022-05477-4]
I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11388/346510
Citazioni
ND
146
143
social impact
Conferma cancellazione
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
